Управление союзными военно-воздушными силами на всех этапах операции осуществлялось централизованно командующим ВВС на театре. Стратегическая авиация подчинялась объединенному комитету начальников штабов.

Таким образом, если в стратегическом звене был принят принцип единства руководства группировками всех видов вооруженных сил, то в оперативном звене (за исключением десантной операции) командующие объединениями видов вооруженных сил не были подчинены друг другу.

В десантной операции организация управления силами предусматривала особо тесное взаимодействие разнородных сил. К участию в ней привлекались специально подготовленные сухопутные войска, части морской пехоты, отряды «рейнджере» и «коммандос» которые в период перехода морем и в бою за высадку подчинялись военно-морским начальникам. Силы флота сводились в оперативные десантные соединения (по числу районов высадки), обеспечивавшие высадку войск первого эшелона.

Кроме них создавались соединения прикрытия, которые подчинялись либо непосредственно командующему морскими экспедиционными силами, либо командующему десантным соединением. Командный пункт командующего союзными военно-морскими силами располагался, как правило, на берегу, а командные пункты командующих десантными оперативными соединениями размещались на специальных штабных кораблях или на флагманских боевых кораблях; там же обычно находился и командующий армией.

Оперативные десантные соединения включали штурмовые десантные соединения (по числу участков высадки); корабельные отряды дальней огневой поддержки; соединения охранения с конвоями, перевозившими десантные войска.