Обычно во время операций применялись два способа взаимодействия - совместное выполнение общих задач и согласованные самостоятельные действия каждого вида авиации. В Филиппинской операции при осуществлении общей задачи разгрома авиационной группировки американцев армейская авиация действовала к северу от 16-й параллели, морская - южнее ее. В Малайской операции армейская авиация, имевшая меньший радиус действия, атаковала северные аэродромы, а морская - южные, главным образом те из них, на которые базировались торпедоносцы.

Взаимодействие армейской и морской авиации наиболее широкие масштабы приняло при высадке воздушного и морского десантов для захвата района нефтепромыслов Палембанга (южная часть Суматры). К участию в решении этой задачи были привлечены 140 самолетов армейской и 80 - морской базовой авиации, а также 4-я дивизия авианосцев, прикрывавшая морской десант. Армейская авиация обеспечивала высадку первого эшелона воздушного десанта, а морская базовая - второго эшелона и морских десантов. Самолеты авианосцев наносили удары по корабельным силам противника в море и базах. Противовоздушная оборона якорных стоянок и десантных отрядов на переходе морем обычно возлагалась на морскую авиацию. Если маршруты десантных отрядов пролегали в радиусе действия армейской авиации, то и она участвовала в воздушном прикрытии десантов.

Операции по уничтожению военно-морских сил противника осуществлялись во взаимодействии разнородных сил флота (надводных кораблей, подводных лодок и морской авиации). Каждый род сил действовал в своей зоне самостоятельно, при этом авиация наносила удары по неприятелю в море в дневное время в тех зонах, где нахождение японских кораблей полностью исключалось. В случае столкновения корабельных соединений налеты авиации либо предшествовали им, либо завершали их. Это позволяло избегать ударов по своим кораблям, но не обеспечивало возможности организации тактического взаимодействия.