Взаимодействие армейской авиации с сухопутными войсками, организовывавшееся как в оперативном, так и в тактическом масштабе, тоже было тесным. Командующий армией постоянно руководил находившимися в оперативном подчинении авиационными соединениями. Армейская авиация осуществляла разведку, вела борьбу за господство в воздухе, прикрывала свои войска на берегу, наносила удары по живой силе и объектам обороны противника. Сухопутные же соединения стремились в кратчайший срок овладеть аэродромами противника, чтобы обеспечить перебазирование на них своей авиации.

Морская авиация для поддержки войск привлекалась лишь в отдельных случаях (при захвате высаженными частями небольших островов, а также аэродромов и военно-морских баз).

В целом японское командование в ходе наступления достигло согласованности действий армии и флота. Но в отдельных случаях она и нарушалась. Например, в Малайской операции командование сухопутных войск не сообщило о захвате аэродромов в Сингорре и Патани. И лишь инициатива командира 12-й авиационной группы, который рискнул перебазировать туда самолеты, не зная фактической обстановки, позволила восстановить взаимодействие. В Филиппинской операции главные силы 14-й армии были доставлены флотом в залив Лингаен с большой навигационной ошибкой относительно намеченного района высадки. Это задержало высадку войск. В Яванской операции аэродром Калиджати был захвачен 1 марта, но из-за отсутствия связи 3-я авиационная группа перебазировалась на него лишь 3 марта

Взаимодействие между армейской и флотской авиацией достигалось точным выполнением ею своих задач и планам операций, а также уточнением районов действий, времени и объектов ударов в ходе боевых действий. Организацией взаимодействия видов авиации на основе указаний командующего армией занимались главным образом командиры авиационных соединений.