В ходе операции обычно завершалась перевозка морем тылов армии и средств ее усиления.  Она осуществлялась армейскими транспортными средствами, следовавшими в охранении боевых кораблей. Силы флота прикрывали также войска с моря и вели борьбу с морскими перевозками противника. В первых операциях японское командование, полагаясь на быстрый захват баз противника, не придавало должного   значения   борьбе   на   морских   сообщениях.   Это позволило англичанам и голландцам доставлять войскам в Сингапур и на Яву подкрепления и технику. В последующем базовая авиация активизировала действия против портов и конвоев союзников. В период борьбы за Сингапур она уничтожила много судов с эвакуируемыми войсками и материальными ценностями. Перед вторжением на Яву авиация систематически совершала налеты на порты, конвои и отдельные суда в море и практически блокировала остров.

К блокаде Явы были привлечены и авианосцы. 19 февраля они нанесли мощный удар по порту Дарвин. В налетах участвовали 150 бомбардировщиков в сопровождении большого числа истребителей. К нанесению удара была привлечена и береговая авиация с острова Целебес. Они полностью разрушили портовые сооружения и потопили 12 находившихся там судов . В результате единственная коммуникация, связывавшая Яву с Австралией, оказалась прерванной. В последующем японские авианосцы, действуя в водах южнее острова Ява, перехватили вышедшие из Чилачапа боевые корабли и суда. При этом были уничтожены пытавшиеся уйти с Явы 3 эсминца и 13 судов.

Таким образом, в ходе операций японский флот, оказывая содействие армии, успешно вел борьбу с морскими перевозками и силами флота противника. В свою очередь сухопутные войска, развертывая наступление после высадки, оказывали помощь флоту быстрым захватом военно-морских баз союзников.