27-28 февраля произошло сражение между союзной эскадрой и кораблями японской Восточной группы флота, прикрывавшей переход десанта на Яву. Союзники потерпели поражение, потеряв два крейсера и три эсминца. Три их крейсера были повреждены. В последующие дни союзная эскадра при попытке прорваться из Яванского моря была почти полностью уничтожена. Вырваться в Индийский океан удалось лишь четырем американским эсминцам.

Разгромив союзный флот, японцы приступили к высадке десантов на Яву и к 12 марта овладели всем островом. 15 марта были захвачены все острова Голландской Индии.

Одной из задач флота в ходе операций было обеспечение морских перевозок войск и материальных средств на захваченные территории. Непосредственно выполняли ее силы специального соединения - сторожевая эскадра. В японском флоте кораблей охранения, особенно противолодочных, было явно недостаточно. Многие суда следовали без эскорта. Но решительный разгром военно-морских группировок противника и захват его баз позволили японцам в период начальных стратегических операций без существенных потерь выполнить запланированный объем перевозок. Этому не смогли помешать американские подводные лодки, торпеды которых имели конструктивные недостатки.

Задачи блокады захватываемых островов с моря и срыва воинских перевозок союзников решались главным образом японской морской авиацией, наносившей удары по портам и конвоям в море. Однако стремительное наступление на суше обычно исключало необходимость организации длительной борьбы на коммуникациях.