Оперативное взаимодействие осуществлялось в масштабе морских десантных операций, армейских наступательных операций и операций армейской и флотской авиации. Оно достигалось согласованием объектов, районов и времени нанесения ударов, а также способов совместных действий во время высадки десантов и наступления на берегу. Важную роль такому взаимодействию японцы отводили и при захвате военно-морских баз и аэродромов противника и при переброске на них своих сил.

Оперативное взаимодействие сил организовывалось непосредственно командующими армиями вместе с командирами оперативных соединений флота. На специальных совещаниях командования и представителей штабов армейских и флотских соединений согласовывались задачи и способы их выполнения, разрешались все возникающие вопросы. Детализация взаимодействия в тактических масштабах проводилась обычно на основе личной договоренности между командирами соединений и частей армии и флота в соответствии с приказами и указаниями командующих и наставлениями по совместным действиям.

Особое значение придавалось 1 организации взаимодействия сухопутных и морских сил с авиацией. В армии и на флоте она имела свои особенности. Армейские авиационные соединения на период операции передавались в оперативное подчинение командующих армиями. Авианосная авиация в в оперативном отношении была подчинена командирам авианосных соединений. Морская базовая авиация (наземного базирования) составляла 11-й воздушный флот (авиационное оперативное объединение) и частью сил (от двух до четырех авиационных отрядов) входила в состав оперативных объединений флота. Малайское объединение, например, включало 4,5 отряда базовой авиации, сыгравшей решающую роль в уничтожении английской эскадры, а Филиппинское - 2 отряда.