После высадки главных сил армии армейская авиация нацеливалась на обеспечение стремительного наступления на Манилу, а флот - на изоляцию с моря острова Лусон; часть сил обеспечивала наступление на вспомогательных направлениях - на островах Лейте и Минданао.

При подготовке Малайской операции (8.12 1941 г. - 15.2 1942 г.) японское командование, учитывая относительную близость военно-морских и воздушных баз, а также тайную договоренность с правительством Таиланда на ввод войск в эту страну, приняло решение внезапно высадить главные силы 25-й армии на побережье Малаккского полуострова (в тыл основной группировки противника) и одновременно провести операции по завоеванию господства в воздухе и уничтожению английского Восточного флота, базировавшегося на Сингапур. Согласованные действия сухопутных войск, авиации и флота в начале операции должны были не только обеспечить высадку крупного десанта в короткие сроки, но и создать благоприятные условия для последующего стремительного продвижения войск на юг, к крепости Сингапур - главному оплоту английской военной мощи на Дальнем Востоке.

На малайском направлении японцы имели превосходство в авиации, но уступали противнику по численности сухопутных войск В ходе наступления удары авиации и флота и изоляция противника с моря и воздуха должны были способствовать стремительному продвижению 25-й армии и быстрому овладению Сингапуром, с падением которого рушилась вся система обороны англичан в Юго-Восточной Азии и открывался путь в Индийский океан.

Яванская операция (14.2-15.3 1942 г.) явилась главным звеном второго этапа наступления. Она проводилась в развитие успеха первых стратегических операций на юге. Захват острова Ява с его богатейшими запасами стратегического сырья и населением, почти равным по численности населению Англии, был конечной целью операций на юге. Поэтому план Яванской операции разрабатывался особенно тщательно и неоднократно корректировался в соответствии с обстановкой, складывавшейся в Малайе и на Филиппинах.