С Южной группой армий взаимодействовал специально созданный Южный экспедиционный флот, подчинявшийся командующему Объединенным флотом. Для ведения совместных действий с той или иной армией создавались морские оперативные соединения (Малайское, Филиппинское, Западные и Восточные силы вторжения на Яву). Создавались они и для выполнения флотом самостоятельных задач: быстроходное авианосное соединение - для удара по Пёрл-Харбору, основные силы флота - для прикрытия Японии и района Филиппин. Захват островов и военно-морских баз в центральной и юго-западной частях Тихого океана осуществляли усиленный 4-й флот, специальные отряды армии 2 с приданными им силами флота или корабельные отряды с частями морской пехоты.

В целом японское высшее стратегическое руководство при планировании начальной кампании войны на Тихом океане последовательно и всесторонне осуществляло принцип взаимодействия армии и флота. В отличие от оперативных планов немецкого командования действия японского флота были довольно тесно согласованы с наступлением сухопутных войск, в первую очередь по способам выполнения задач. Считалось, что решительный разгром с началом войны военно-морских сил противника наиболее соответствует общему замыслу наступления и характеру действий сухопутных войск. Достаточно искусно учитывались разбросанность сил противника на театре, их слабое взаимодействие, а также фактор внезапности. Но при этом проявлялся и существенный недостаток. Он состоял в том, что весь стратегический замысел и принятая в соответствии с ним система взаимодействия были рассчитаны на слабое сопротивление противника и непременное достижение полной внезапности упреждающего удара. Варианты взаимодействия на случай утраты этих факторов не предусматривались, а организация раздельного управления каждым видом вооруженных сил не обеспечивала возможность эффективного осуществления взаимодействия в условиях активного противодействия противника.