Объединенному флоту предстояло в наступательных операциях прикрывать армии от ударов противника с моря, активно участвовать в высадке десантов и оказывать сухопутным войскам поддержку в развитии наступления. «Генеральным планом взаимодействия армии и флота» ему предписывалось в первые дни войны добиться господства на море, изолировать сухопутные группировки противника с морского направления и обеспечить успешные действия армии. Вместе с тем он имел и самостоятельную стратегическую задачу - прикрывать территорию Японии от воздействия флота противника.

Готовя войну, японское командование предусматривало нанесение первого мощного удара, по главной военно-морской группировке противника - Тихоокеанскому флоту США, основные силы которого дислоцировались в Пёрл-Харборе. Эта Гавайская операция являлась одним из важных звеньев общего стратегического плана. Главной ее целью было обеспечение захвата районов Южных морей Кроме того, в совместных стратегических операциях (Малайской, Филиппинской, Яванской) первоочередная задача каждой группировки японского флота заключалась в уничтожении противостоящих морских сил противника для обеспечения высадки десантов и достижения оперативного господства на море.

Особая роль в генеральном плане взаимодействия отводилась совместным усилиям армейской и флотской авиации, которая в первые же дни войны должна была разгромить авиационные группировки противника и завоевать господство в воздухе на главных стратегических направлениях, чтобы обеспечить успех высадки десантов и высокие темпы наступления сухопутных войск.