Превосходство английского флота в силах требовало тщательной организации взаимодействия военно-морских сил с авиацией в борьбе на море. Однако оно не получило достаточной разработки. Морское командование фактически было лишено возможности ставить перед авиацией задачи и организовывать с ней взаимодействие. Недостаточно была разработана и организация истребительного прикрытия кораблей и судов в море, особенно при возвращении их в базы после высадки морского десанта.

Организацию оперативного взаимодействия осуществляло командование 21-й армейской группы, которому непосредственно подчинялись привлекаемые войска. Ему также в оперативное подчинение были переданы участвовавшие в операции группировка авиации и часть сил флота - оперативные группы ВМС «Ост» и «Вест». Оперативное взаимодействие между этими силами и другими объединениями, а также между флотом и авиацией в борьбе на море организовывали главнокомандующие видами вооруженных сил.

Порядок подчинения групп ВВС и ВМС командующему 21-й армейской группой был несколько различен. Выделенные авиационные части полностью подчинялись ему в тактическом отношении и возвращались в подчинение командования военно-воздушных сил только после завершения операции . Несмотря на это, в ходе операции руководил ими фактически главнокомандующий ВВС. Оперативные группы флота были подчинены командующему 21-й группой лишь на период высадки десанта. При этом непосредственное управление ими па переходе морем осуществлял главнокомандующий ВМС. Оп также руководил подводными силами, прикрывавшими десантные отряды на переходе морем. После высадки десантов все силы флота переходили в его полное подчинение, а их взаимодействие с сухопутными войсками на территории Норвегии организовывалось штабом ОКВ.