На основе концепции аэроплана J1 (металлический моноплан с работающей обшивкой) Хуго Юнкере в 1918 году приступил к проектированию гражданского транспортного самолета. Прототип выполнил первый полет 25 января 1919 года. Серийный вариант J13 под обозначением F 13 вошел в число самолетов, оказавших наибольшее влияние на развитие авиации. На первых F 13 стояли моторы Mercedes или BMW lll/llla, но по мере усиления планера на самолет стали ставить все более мощные моторы, такие как звездообразные Junkers L2, Pratt & Whitney Wasp и Hornet. Известно порядка 60-70 подвариантов самолета F 13, отличавшихся конструкцией фюзеляжа, крыла, оперения и кабины.

Около 60 машин F 13 эксплуатировалось в компании «Junkers-Luftverkehr», образованной в 1921 году. В том же 1921 году была образована компания «Deutsche Lufthansa», которой отошла большая часть парка «Junkers-Luftverkehr». До 1938 года «Deutsche Lufthansa» эксплуатировала на внутренних грузовых и пассажирских линиях 45 самолетов F 13.

Junkers F 13 закупили почти все ведущие европейские авиакомпании, кроме того, самолет эксплуатировался в Афганистане и Колумбии. В Персии летало несколько самолетов с пулеметами, установленными в верхней части салона. Очень успешно F 13 использовали в Южной Америке, где металлическая конструкция планера оказалась очень удачной в силу непростых природно-климатических условий, пожарная безопасность в авиации вышла на совершенно новый уровень. Восемь машин Junkers-Larsen JL 6, адаптированных под выпуск на предприятии «John М. Larsen Corporation», поставили в США, где их использовала почтовая служба на линиях Нью-Йорк — Чикаго — Омаха и Нью-Йорк — Сан-Франциско, однако ни одного самолета непосредственно в Штатах не собрали. Пять машин F 13 построили в СССР, две в 1931 году — в Венеции на заводе компании «Transadriatica» (один с мотором Fiat А.20 мощностью 410 л.с). Всего построено 322 самолета F 13, серийное производство было прекращено в 1932 году. Самолет послужил базой для разработки целого семейства самолетов, конструктивно близких к начальному проекту 1919 года. Венцом развития стал Junkers Ju 52, выполнивший первый полет в одномоторном варианте 13 октября 1930 года. Но всемирную известность получил вариант Ju 52/3m «Tante Ju» («Тетка Ю») с тремя моторами. В 1930-х годах Ju-52/Зm разделил с Douglas DC-3 славу самого популярного пассажирского самолета. Ju 52/3m составили основу транспортной авиации созданных Люфтваффе.